Energimyndigheten administrerar den svenska delen av Unionsregistret. Naturvårdsverket fattar beslut om tilldelning av utsläppsrätter och ansvarar för uppföljning av företagens årliga rapportering av utsläpp av koldioxid. Utslappshandel.se är Energimyndighetens och Naturvårdsverkets gemensamma webbplats för verksamhetsutövare.